با عنوان : وضعيت تنوع ژنتیکی جدایه­ های ویروس ایکس سیب­ زمینی

در ادامه مطلب می توانید تکه هایی از ابتدای این پایان نامه را بخوانید

و در صورت نیاز به متن کامل آن می توانید از لینک پرداخت و دانلود آنی برای خرید این پایان نامه اقدام نمائید.

پایان نامه کارشناسی ارشد رشته زیست شناسی

با عنوان:

وضعيت تنوع ژنتیکی جدایه­ های ویروس ایکس سیب­ زمینی از استان همدان

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده درج نمی گردد

تکه هایی از متن به عنوان نمونه : (ممکن می باشد هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود اما در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل می باشد)

عنوان صفحه
چکیده 1
مقدمه 2
فصل اول: مروری بر تحقیقات گذشته  
1- گیاهشناسی سیب زمینی 4
1-1) برگ 4
1-2) ساقه 4
1-3) غده 5
1-4) جوانه 5
1-5) ریشه 5
1-6) گل 5
2- ارقام سیب زمینی 5
2-1) رقم‌هاى خيلى ‌زودرس و زودرس 5
2-2) رقم­‌هاى متوسط رس يا ميان‌رس 6
2-3) رقم­‌هاى ديررس 6
3- تاریخچه 7
4- مواد موجود در سیب زمینی 8
5- مراحل کشت سیب زمینی       8
5-1) آماده كردن زمين براي كاشت سيب­زميني 8
5-2) آماده‌کردن غده­‌ها براى کاشت سيب­زمينی 9
5-3) کاشتن غده­‌ها 10
5-4) آبياري سيب زميني 11
5-5) كوددهي سيب­زميني 11
       5 -6) وجين كردن و خاك دادن سيب­زميني 12
5-7) برداشت 13
6- مراحل پس از برداشت و فرآوري سيب زمينی 14
7- اهمیت اقتصادی سیب­زمینی 15
8- ويروس­هاي بيماريزاي سيب­زميني 17
9- ويروس ايكس سيب­زميني Potato virus X 20
9-1) آرايه­بندي 20
9-2) علائم 21
9-3) دامنه ميزباني طبيعي ويروس ايكس سيب­زميني 22
9-4) گونه های میزبانی بكار رفته جهت تشخيص PVX 23
9-5) انتقال و انتشار ويروس 23
شما می توانید تکه های دیگری از این مطلب را در شماره بندی انتهای صفحه بخوانید              
9-6) پراکنش جغرافیایی

24 9-7) خصوصیات ژنوم

24 9-8) خصوصیات پيكره ويروس

26 9-9) تکثیر ویروس ایکس سيب­زميني در گیاه

27 9-10) تنوع ژنتيكي ويروس ايكس سيب­زميني

28 10- روش­هاي رديابي ويروس ايكس سيب­زميني

30 10-1) سرولوژی

30 10-2) بررسي­هاي مولكولي واکنش زنجیره­ای پلی­مراز Polymerase Chain Reaction (PCR)

32 11- مطالعات انجام شده در ایران

37 12- هدف از اين تحقيق

40 فصل دوم:مواد و رو ش­ها

  1- جمع آوری نمونه از مزارع سیب­زمینی

42 2- آزمون الايزا Enzyme-Linked Immunosorbent Assay- ELISA))

42 2-1) تهیه بافرها

42 2-1-1) بافرفسفات پتاسیم(PH, 7.4), (phosphate buffered saline-PBS)

43 2-1-2) بافر پوششی کربنات سدیم(PH, 9.6) , (Coating buffer)

43 2-1-3) بافر شستشو (PH,7.4),(Washing buffer)

43 2-1-4) بافر عصاره گیری (PH,7.4),(Extraction buffer)

43 2-1-5) بافر ترکیب پادتن-آنزیم (PH,7.4),(Conjugate buffer)

43 2-1-6) بافر زمینه (سوبسترا)(PH, 9.8),(Substrate buffer)

44 3- مطالعه­های گلخانه­ای

45 4- مطالعه انتقال

46 4-1) مطالعه انتقال با سس

46 4-2) انتقال با تماس

46 5- بررسي خصوصيات مولكولي

46 5-1) استخراج آر.ان.اي (RNA Extraction)

46 5-2) واکنش زنجیره­ای پلی­مراز به روش رونوشت برداري برگردان (RT-PCR)

48 5-2-1) مرحله رونوشت برداری برگردان (Reverse transcriptase)

48 5-2-2) مرحله واکنش زنجیره ای پي. سي. آر

48 5-3) نظاره محصول واكنش

49 5-4) خالص سازی قطعات تکثیر شده

49 5-4-1) جدا کردن قطعه ژل حاوی DNA تکثیر شده

49 5-4-2) حل کردن قطعه ژل و آزاد شده قطعه DNA

49 5-4-3)رسوب دادن DNA

50 5-4-4)شستشوی رسوب با بافر شستشو

50 5-4-5) حل شدن DNA در آب

50 5-6) واکاوی تبارازیی

51 6- خالص سازی ویروس PVX

53 7- اسپکتروفتومتری و تعیین غلظت ویروس جدا شده در آموده های(پرپارسیون) خالص شده

55 فصل سوم:نتیجه گیری

  1- مطالعه علائم آلودگي­های موجود روی سیب زمینی

56 1-1) علائم آلودگی روی سیب زمینی

56 1-2) نشانه­های آلودگی روی گوجه فرنگی

57 2- آزمون بیولوژیکی (واکنش گیاهان محک پیش روی عصاره حاوی ویروس ایکس)

58 2-1) گل تکمه­ایی Gomphrena globosa L.

58 2-2) داتوره Datura stramonium

59  

 

 

2-3) سلمکChenopodium amaranticolor 59
2-4) توتون Nicotiana glutinosa L 60
2-5) توتون Nicotiana tabacum. cv. White Burley 60
2-6) توتون Nicotiana tabacum. cv. Samsun 61
2-7) گوجه فرنگی Lycopersicum esculentum Mill 61
2-8) لوبیا Phaseolus vulgaris L.cv. Bountiful 61
2-9) باقلا. Vicia faba 61
2-10) ماش. Vicia sativa L. 62
2-11) دامنه میزبانی و علائم 62
3- درجه حرارت غیر فعال شدن (TIP) 63
4- آخرین حد رقت (DEP) 63
5- پایداری ویروس در شرایط آزمایشگاه (LIV) 63
6- مطالعه روش های انتقال 63
6-1) انتقال با سس 63
6-2) انتقال با تماس 63
7- خالص سازی 63
7-1) روشShepard, 1972 63
7-2) روشFribourg,1975 64
7-3) روشMoreira, 1980 65
8- تعیین پراکنش ویروس بر اساس آزمون الایزاELISA 65
9- بررسي خصوصيات مولكولي 72
9-1) نتايج حاصل از استخراج آر.ان.اي كل گياه (RNA Extraction) 72
9-2) نتايج واکنش رونوشت برداري برگردان زنجیره­ای پلی­مراز
(RT-PCR)
73
10) واکاوی تبازایی 74

 

فصل چهارم:بحث، نتیجه گیری و پیشنهادات 76
فهرست منابع فارسی 84
فهرست منابع انگلیسی 85
چکیده انگلیسی 96

فهرست جداول    
عنوان صفحه  
جدول1-1 اسامي ويروس هاي سيب زمينی  

18

 
جدول 1-2 مقايسه بين ELISA, PCR, IC-PCR, RT-PCR-ELISA 35  
جدول1-3 توالي آغازگرهای بهره گیری شده براي سنتز cDNA جهت رديابي ويروس ايكس سيب­زميني 37  
جدول2-1 منطقه و تعداد نمونه های جمع آوری شده از مزارع سیب زمینی در همدان 42  
جدول2-2 گیاهان میزبانی که برای مایه زنی ویروس ایکس سیب زمینی بهره گیری گردید 45  
شما می توانید مطالب مشابه این مطلب را با جستجو در همین سایت بخوانید                     
جدول2-3 آغازگرهای بهره گیری شده در آزمون RT-PCR

49

  جدول2-4 ليست توالي‌هاي کامل پروتئین پوششی PVX موجود در بانك ژن كه براي مقايسه با جدايه‌هاي ايراني مورد بهره گیری قرار گرفته‌اند

52

  جدول3-1درصد نمونه های علائم دار جمع آوری شده از مزارع همدان

57

  جدول3-2 علائم ویروس ایکس بروی گیاهان محک

62 جدول 3-3 درصد آلودگی به چهار ویروس PVX، PVY، PVS و PLRV در مناطق بهار، رزن و کبودرآهنگ

65

  جدول3-4 درصد آلودگی همزمان در مزارع استان همدان

66

 

فهرست نمودارها  
عنوان صفحه
نمودار1-1 توزيع ميزان توليد سيب زميني در استانهاي كشور 16
نمودار3-1(Shepard, 1972) Ultraviolet- absorption spectra PVX preparation 64
نمودار3-2(Fribourg,1975)   Ultraviolet- absorption spectra PVX preparation 64
نمودار3-3 Ultraviolet- absorption spectra PVX preparation(Moreira,1980) 65
نمودار3-4 نمودار 3-4درصد آلودگی در مزارع سیب زمینی منطقه بهار 68
نمودار3-5 درصد آلودگی در مزارع سیب زمینی در منطقه رزن 69
نمودار3-6 درصد آلودگی مزارع سیب زمینی در منطقه کبودر آهنگ 71
نمودار3-7 درصد آلودگی ویروس های سیب زمینی در مزارع سیب زمینی استان همدان 72
برای دانلود فایل ورد متن کامل اینجا کلیک کنید
  فهرست اشکال

  عنوان

صفحه شكل1-1 ویروس PVX همراه با ويروس TMV حالت هم افزایی داشته و علائم شديد Double streak را ایجاد می­کند

21 شكل1-2 گياه سيب زميني آلوده به ويرو س ايكس سيب زميني با علائم موزاييك

22 شکل1-3 مدل حرکت Potexivirus

26 شكل1-4 مقایسه حساسیت روش های RT-PCR(A) و DAS-ELISA (B) برای ردیابی ویروس ایکس سیب زمینی

34 شکل 3-1 علائم موزائیک و نکروز در بوته سیب زمینی آلوده به دو ویروس ایکس و وای سیب زمینی

57 شکل 3-2 نمونه گوجه فرنگی مشکوک به علائم ویروسی

58 شکل3-3 لکه های نکروز، 15 روز پس از مایه زنی عصاره حاویPVX روی گل تکمه ایی

58 شکل3-4 لکه های سبز روشن پس از 10 روز مایه زنی عصاره حاویPVX روی داتوره

59 شکل3-5 ظهور لکه های سبزرد( کلروتیک) (سمت راست) و سپس سیستمیک در گیاه سلمک (سمت چپ)

59 شکل3-6 لکه­های سبزرد (کلروتیک) و موزاییک روی برگ N.glutinosa L مایه زنی شده توسط عصاره حاویPVX

60 شکل3-7علائم پيسك (ماتل)و رگبرگ روشنی روی Nicotiana tabacum. cv.White Burley مایه زنی شده توسط جدايه PVX

60 شکل3-8 علائم لكه هاي كلروز و نكروز سيستميك در گياه گوجه فرنگی 12 روز بعد از مایه زنی توسط PVX

61 شکل3-9 علائم زردی و موزائیک روی برگ­های ماش مایه زنی شده توسط عصاره حاویPVX

62 شکل3-10 عکس از باند حاصل شده ازRNA استخراج شده بروش Tri-Reagent

73 شكل 3-11 الكتروفورز محصولات PCR مربوط به تكثير پروتئین پوششی با بهره گیری از آغازگرهاي اختصاصي، در ژل آگاروز يك درصد

74 شکل 3-12 درخت تبارزايي جدايه‌هاي ايراني PVX با ساير جدايه‌ها كه با روش NJ و 100 مرتبه bootstrap بدست آمده می باشد.

75

 چکیده:

ویروس ایکس سیب­زمینی (Potato virus X- PVX) گونه شاخص جنس Potexvirus از خانواده Alfaflexiviridae می­باشد. طی سال های 1389 و 1390، از مناطق کشت اصلی سیب زمینی در استان همدان بازدید و نمونه برداری انجام گرفت. مجموعاً 456 نمونه برگی (تعداد 132 و 324 نمونه بترتیب علائم­دار و تصادفی) از 9 مزرعه واقع در مناطق بهار، کبودرآهنگ و رزن جمع آوری گردید. نتایج آزمون الایزا با بهره گیری از آنتی بادی اختصاصی (بیوربا-سویس) نشان دهنده آلودگی 42 نمونه با ویروس ایکس سیب زمینی بود. بر اساس آزمون الایزا میزان وقوع آلودگی به این ویروس به ترتیب کاهش در مناطق بهار، رزن و کبودرآهنگ تعیین گردید. برای تایید نتایج حاصل از آزمون سرولوژیکی از روش های بیولوژیکی و مولکولی بهره گیری گردید. مطالعه دامنه میزبانی جدایه های ایرانی ویروس ایکس سیب زمینی با بهره گیری از گیاهان محک مختلف، تفاوتی نشان داد. همچنین در این پژوهش ناحیه ژن پروتئین پوششی ویروس بطول حدود 750 جفت باز با بهره گیری از آغازگر های اختصاصی تکثیر گردید. واکاوی تبارزایی با بهره گیری از توالی کامل پروتئین پوششی دو جدایه ویروس شامل Iran H1 و Iran H2 با توالي‌های مربوط به جدايه های خارجی PVX موجود در بانک ژن نشان داد که جدایه های ایرانی در گروه اروپا-آسیا (Eurasia) قرار می گیرند. در درخت تبارزایی جدایه های تعیین توالی شده در این مطالعه با جدایه ویروس ایکس جدا شده از نخود (Pisum sativum) در یک شاخه مستقل و نزدیک بهم قرار گرفتند. طول کامل توالی پروتئین پوششی 714 نوکلئوتید بود که پروتئینی با 237 اسیدآمینه تولید می نماید. این نتایج با نتایج بدست آمده در مورد سایر جدایه های این ویروس از مناطق دیگر دنیا مطابقت دارد. هر چند که جدایه های ایرانی مورد مطالعه در گروه اروپا-آسیا قرار می گیرند اما هنوز مشخص نیست که آنها جدایه های غالب این ویروس در ایران باشند. برای این مقصود لازم می باشد تا جدایه های بیشتری از این ویروس از مناطق خاورمیانه و سایر کشورها تعیین توالی شوند. هر چند بر اساس مطالعات ما این اولین گزارش از واکاوی تبارزایی این ویروس جدا شده از سیب زمینی از ایران واقع در منطقه mid-Eurasia می باشد.

كلمات كليدي: ويروس ايكس سيب زميني، تبارزایی، ایران

مقدمه:

در بين گياهان دو لپه، سيب­زميني مهمترين محصول زراعي می باشد که، پس از گندم، برنج و ذرت در رتبه چهارم جهانی قرار دارد (FAO, 2009). تولید سیب­زمینی در جهان طبق گزارشات سازمان خواروبار و کشاورزی ملل متحد (فائو) در سال 2009، معادل 314 میلیون تن بوده می باشد (FAO, 2009).

طبق گزارشات فائو چین بالاترین رکورد تولید سیب­زمینی را در سال 2009 در جهان داشته می باشد و بعد از آن به ترتیب روسیه و هند در مقام­های دوم و سوم و آمریکا در مقام چهارم قرار گرفته اند و ایران از نظر تولید سیب زمینی در مقام چهاردهم جهان و دوم خاورمیانه قرار می گیرد (FAO, 2009). تولید سیب زمینی در کشور ما از اهمیت خاصی برخوردار می باشد و فائو تولید سیب زمینی ایران را در سال 2009 میلادی چهار میلیون و 107 هزار و 626 تن اعلام کرده می باشد. استان همدان با 63/16در­صد اراضی تحت کشت سیب­زمینی کشور، در مقام نخست قرار دارد. میزان تولید سیب زمینی در این استان حدود نیم میلیون تن برآورد شده می باشد (آمارنامه جهاد کشاورزی، 1388).

بر اساس اعلام فائو سطح زیر کشت سیب­زمینی در ایران در سال 2009 میلادی نسبت به سال 2008 با کاهش 2/13 درصدی به 153 هزار و 995 هکتار رسید (FAO ,2009).

بیماری­های ویروسی تأثیر مهمی در کاهش عملکرد سیب­زمینی دارند. در این بین ویروس ایکس سیب­زمینی (Potato virus X– PVX) موجب کاهش محصول سیب­زمینی از 10 تا 20 درصد میگردد، این موضوع نشان دهنده گسترش بیماریهای ویروسی در مزارع سیب­زمینی کشور و لزوم تدوین برنامه­هایی برای مدیریت آنها می­باشد. اولین گام در تدوین چنین برنامه­هایی، داشتن اطلاعات کافی از وضعیت (فراوانی و پراکنش) آلودگی ویروسی و شناخت خصوصیات جدایه­های غالب ویروسی در هر منطقه می­باشد. با در نظر داشتن اهمیت زراعت سیب­زمینی در استان همدان و از طرفی با در نظر گرفت این نکته که در مورد وضعیت بیماری ویروسی PVX از نظر فراوانی و پراکنش آن در مزارع سیب­زمینی این استان و نیز خصوصیات این جدایه­ها، اطلاعات دقیقی در دسترس نمی­باشد، لذا پژوهش در این مورد به عنوان کامل پایان نامه کارشناسی ارشد کارشناسی ارشد اینجانب در نظر گرفته گردید تا در قالب یک پژوهش مدون فراوانی و پراکنش ویروس PVX در مزارع سیب­زمینی استان همدان و نیز خصوصیات آنها مطالعه گردد. این اطلاعات در تدوین برنامه­های مدیریت این بیماری از پیش­نیازهای اصلی محسوب می­گردد.

تعداد صفحه :110

قیمت : چهارده هزار و هفتصد تومان

***

—-

پشتیبانی سایت :        ———-        serderehi@gmail.com